O presente artigo trata dos debates científicos travados em torno de uma doença classificada pelos médicos da cidade de São Paulo, no fim do século XIX, como febres paulistas. Elaborou-se uma pequena revisão acerca do papel das febres na nosologia brasileira do período e apresentam-se as idéias então em voga para explicar as febres paulistas, a malária e a febre tifóide, centrando o foco sobre as transformações no campo médico que fizeram com que essas febres deixassem de ser identificadas como formas de malária e passassem a ser classificadas como casos de febre tifóide. Por fim, acompanham-se os debates sobre essa mudança travados na Sociedade de Medicina e Cirurgia de São Paulo, analisando as correntes científicas que pendiam a favor da identificação das febres paulistas com malária e a febre tifóide e o grupo que postulava ser a doença uma entidade nosológica independente.