Objetivo. Caracterizar el fenómeno de la resistencia a los diferentes medicamentos antirretrovirales en pacientes en quienes se practicó el estudio de genotipificación en Colombia, durante el período 2000-2007. Diseño. Descriptivo, retrospectivo y basado en el laboratorio. Métodos. Entre los años 2000 y 2007, se obtuvo la secuencia de los genes de la proteasa y transcriptasa inversa del virus de la inmunodeficiencia humana (VIH) de 650 pacientes presuntamente en tratamiento antirretroviral, procedentes de diferentes regiones de Colombia. Las secuencias se procesaron con el programa Geno2pheno resistance, el cual infiere la resistencia a partir de la secuencia. Resultados. El 82,1% de las cepas virales fue resistente a uno o más medicamentos. La frecuencia de resistencia fue mayor para la lamivudina (55,4%), la nevirapina (54,3%) y el efavirenz (52,6%), y más baja para la estavudina (11,0%). El 45,1% fue resistente a la zidovudina. La resistencia a los inhibidores de proteasa osciló entre 30% y 38%. Se observó que la frecuencia de resistencia va en aumento para los inhibidores de la transcriptasa inversa, pero no para los inhibidores de proteasa. Conclusiones. La frecuencia de resistencia fue mayor en los antirretrovirales con una baja barrera genética y en aquéllos cuyo uso se ha incrementado en los últimos años.