La candidiasis invasora representa el 75% de las infecciones por hongos en pacientes hospitalizados, con una mortalidad que alcanza cifras hasta del 78%. La frecuencia de estas infecciones varía de acuerdo con el servicio de hospitalización y los factores de riesgo de los pacientes. Paralelamente, se han venido observando cambios en la epidemiología de las especies de Candida, variaciones en su prevalencia y en la resistencia a los antimicóticos según su localización geográfica. Por todo lo anterior, es imperativo establecer un diagnóstico temprano que lleve a la identificación correcta de la especie implicada de manera que se instaure un pronto y adecuado tratamiento antimicótico. El diagnóstico de la candidiasis invasora continúa siendo un reto, en el cual combinar los diferentes métodos diagnósticos, los microbiológicos, los inmunológicos y los nuevos moleculares, aún en desarrollo y validación, es la mejor estrategia para lograr un dictamen oportuno. En esta revisión se describen los métodos disponibles, sus limitaciones y las perspectivas de los que están en etapa de desarrollo y validación. En la última década se cuenta con métodos de referencia para la medición de susceptibilidad in vitro a los antimicóticos, lo cual ha permitido conocer los perfiles de sensibilidad de las diferentes especies de Candida a escala mundial y local.