La generación de progenitores celulares, su migración y distribución a través del organismo, es determinante en la generación de divergencia morfológica y evolución de las distintas especies de vertebrados. Las células progenitoras transitan por diferentes compartimentos durante el desarrollo embrionario y su exposición a diferentes medioambientes tisulares estimula la activación de programas específicos de diferenciación. En este capítulo discutiremos el origen de diferentes poblaciones de células migratorias, tales como las células madre embrionarias, las células germinales primordiales y las células de la cresta neural, con un enfoque en los distintos factores moleculares activados durante la migración hacia distintos compartimientos embrionarios.