Los procedimientos de criopreservación inducen cambios morfofuncionales en los espermatozoides. Es importante post descongelación espermática utilizar procedimientos de selección que permitan recuperar espermatozoides altamente funcionales. El objetivo del presente estudio fue comparar la eficiencia del Swim-up y Equipure® en la selección de espermatozoides funcionales en semen descongelado de equino. Semen de 4 potros reproductores Criollos Chilenos (A, B, C y D), fueron descongelados separadamente y procesados (n=15) por: I.- Swim-up (SU) y II.- Equipure® (EQ). Post descongelación se determinó por citometría de flujo la viabilidad e integridad de membrana plasmática (SYBR-14/PI), potencial de membrana mitocondrial (YDm; JC-1), integridad de la membrana acrosomal (FITC-PSA/PI). La motilidad progresiva (%) en dos animales fue más alta (P<0,05) por SU comparado con EQ: A (55,7±5,8% v/s 38,17±3,7%) y C (37,5±7% vs. 32±2,1%, respectivamente). La integridad de la membrana plasmática (%), tres animales presentaron diferencias (P<0,05), siendo más alta por SU en dos animales comparado con EQ (A: 54,3±1,7 vs. 36,7±1,9, C: 36,1±5,7 vs. 29,4±4,8 y D: 34,4±9,4 vs. 52,7±5,2; respectivamente), solamente un animal fue superior EQ. En el YDm (%), diferencias significativas (P<0,05) fueron detectadas en los cuatro animales, siendo más altos en SU comparado con EQ (A: 69,1±8,6% vs. 47,4±3,3%, B: 59,34±12,3% vs. 24,8±1,5%, C: 54,9±12,3% vs. 43,2±3,1% y D: 53,1±17,6% vs. 37,5±5,7%; respectivamente). Los resultados obtenidos en el presente estudio demostraron que los métodos de selección espermática Swim-up y Equipure® permiten recuperar espermatozoides de diferente calidad funcional en semen congelado-descongelado de equino, presentándose diferencias individuales entre los animales con respecto a los métodos. Se observó una tendencia del método Swim-up en seleccionar espermatozoides de equino descongelados con mayor calidad funcional comparado con Equipure®.