O texto discute as bases para uma Política Nacional de Ciência, Tecnologia e Inovação em Saúde (PNCTI/S) como elemento estruturador do esforço brasileiro de pesquisa em saúde. Pelo menos desde a fundação do CNPq, em 1951, este imenso esforço, que no Brasil se traduz por um conjunto de quase 18.000 pesquisadores atuantes em 4.900 grupos de pesquisa, não se sustenta em uma política pública explícita de pesquisa em saúde. O texto adota o ponto de vista de que o organismo adequado para constituir essa política é o Ministério da Saúde, de resto como ocorre na maioria dos países com tradição em pesquisa. Uma PNCTI/S necessita ser respaldada em uma agenda de pesquisa prioritária, cuja construção deve ser pactuada entre os atores mais relevantes, quais sejam os pesquisadores e os gestores de saúde. Deve também prever novos canais e fontes de fomento. A PNCTI/S deve ser extensiva no que se refere à cadeia do conhecimento e inclusiva no que toca os pesquisadores e instituições de pesquisa. Por fim,deve sustentar-se na busca da eqüidade em saúde e na prática de padrões éticos de pesquisa.