Análise de custo-efetividade (ACE) compara o custo da intervenção com o efeito (desfecho), resultando no custo por desfecho (p. ex.: custo por ano de vida salva) que pode ser comparado com outras intervenções. Assim como os ensaios clínicos, o rigor e o método da análise são críticos para credibilidade dos resultados. Neste artigo, nós revisamos as etapas básicas para delinear a coleta de dados e o plano analítico. Primeiro, o pesquisador deve desenvolver o modelo conceitual, descrevendo a intervenção e seus efeitos nos desfechos em saúde. Essencialmente, o modelo (p. ex.: árvore de decisão) descreve o curso dos eventos com a intervenção comparada com o tratamento usual. Segundo, o pesquisador deve determinar como coletar os dados de custo, desfechos em saúde e comparadores relevantes, a partir da perspectiva selecionada para o estudo. Finalmente, o pesquisador deve desenvolver o método analítico para combinar a informação apropriadamente na ACE.