El propósito de la presente investigación fue explorar la relación entre las calificaciones académicas de los estudiantes con su tendencia a presentar conductas emocionales de ansiedad en el ámbito escolar mediante un estudio empírico descriptivo transversal. Adicionalmente se exploró la relación de esas dos variables con la probabilidad de fracaso escolar. Participaron 385 estudiantes de secundaria, que aspiraban a ingresar al bachillerato en una escuela pública. El rendimiento académico se evaluó a partir del promedio de secundaria, así como de una prueba de admisión. La probabilidad de deserción escolar se evaluó mediante una prueba de autorreporte (Hernández-Pozo, 2005). Adicionalmente se empleó una tarea computarizada basada en la versión emocional del paradigma de Stroop para medir la tendencia a la ansiedad escolar (Hernández-Pozo, Macías-Martínez, & Torres-Chávez, 2004). Se encontró que los estudiantes con las calificaciones más altas en la prueba de admisión, con mejores promedios en secundaria o con menor riesgo de deserción, difirieron de sus contrapartes en cuanto a los índices de interferencia de la prueba Stroop. Se concluye que la prueba emocional Stroop es un instrumento que refleja de manera ordenada el riesgo a la deserción escolar y el perfil académico de los aspirantes al bachillerato.