O controle da transmissão vertical do HIV e da sífilis congênita pode ser alcançado caso o diagnóstico precoce da infecção seja realizado durante o período de pré-natal, o que enfatiza a importância da rede de atenção primária à saúde no Brasil. O estudo visa descrever aspectos epidemiológicos e operacionais do controle da transmissão vertical do HIV e do Treponema pallidum no Município de Fortaleza. O estudo tem delineamento transversal, com componente descritivo.Os dados foram obtidos a partir das notificações no SINAN, sendo identificadas as mulheres que tiveram partos entre novembro/2003 e novembro/2004 em uma maternidade de referência. Dados demográficos e da assistência pré-natal foram coletados a partir dos prontuários disponíveis na maternidade de referência pesquisada, e procedeu-se à análise da declaração de nascidos vivos. Foram estudadas 31 mulheres com o HIV, com idades entre 16 a 41 anos (mediana,24 anos). A maioria era procedente de Fortaleza (58,1%),tinha de quatro a sete anos de estudos concluídos (41,9%)e era solteira (74,2%). 93,5% realizaram pré-natal (19,4%,seis ou mais consultas), sendo que 35,5% o iniciaram no primeiro trimestre da gravidez. Em 48,4% dessas mulheres, o diagnóstico da infecção pelo HIV foi estabelecido durante a gravidez; 12,9% já eram casos de aids, sendo que 6,5%usavam anti-retrovirais para tratamento. O tempo de início da profilaxia anti-retroviral ocorreu até o segundo trimestre em 71,0%. Entre as 21 mulheres infectadas pelo T. pallidum,a idade variou de 13 a 39 anos (mediana, 25 anos). A maioria era solteira (71,4%), tinha de quatro a sete anos de estudos concluídos (42,9%) e era procedente de Fortaleza (85,7%).71,4% realizaram pré-natal (9,6%, seis ou mais consultas). A idade gestacional de início do pré-natal foi de difícil avaliação: somente em duas (9,6%) a informação estava disponível (15e 20 semanas). 38,1% realizaram VDRL (Venereal DiseaseResearch Laboratories) no pré-natal e 38,1% tinham essa informação ignorada. Das que realizaram VDRL, o número de exames no pré-natal foi de três ou mais em 12,5%; 33,3%tinham VDRL positivo, sendo que, em 42,9% delas, essa informação era ignorada. Em todas as mulheres tratadas para sífilis, o tratamento foi considerado inadequado; em 19,0%não foi realizado e em 42,9% era ignorado. Embora, a princípio,as intervenções para controle da transmissão do HIVe do T. pallidum estejam disponíveis para toda a população de gestantes e seus filhos, as dificuldades da rede de saúde no Brasil em prover diagnóstico laboratorial da infecção, com cobertura insuficiente de mulheres testadas no pré-natal, principalmente nas populações mais vulneráveis, e a baixa qualidade do pré-natal, resultam em uma situação desfavorável para o controle desses agravos à saúde, principalmente em relação à sífilis.