El análisis del semen es una de las herramientas clásicas más utilizadas en la investigación de la infertilidad masculina, sin embargo la imprecisión metodológica conlleva a una inadecuada interpretación clínica. Actualmente se dispone de sistemas automatizados los cuales son menos subjetivos pero mucho mas costosos que los manuales. El objetivo de este trabajo fue comparar los resultados obtenidos con la metodología recomendada por la OMS, para evaluar la concentración y la movilidad espermática, con los obtenidos mediante un sistema automatizado (Cell Soft). Se obtuvieron 320 muestras de semen provenientes de hombres que consultaron por infertilidad. Los resultados de la determinación de la concentración espermática por el método manual no fueron diferentes de los obtenidos por el sistema automatizado. La determinación del porcentaje de espermatozoides móviles presentó considerables variaciones entre ambos métodos, siendo la determinación manual significativamente mayor (p<0.0004). Se concluye que la evaluación de la concentración espermática por ambos métodos son comparables y con respecto a la movilidad espermática el método manual tiende a sobrestimar el porcentaje de espermios móviles