El control del Aedes aegypti (vector principal del Dengue), se dificulta por la extensión y heterogeneidad de los barrios donde se encuentran los criaderos, la carencia de acceso permanente a servicios públicos y por la ausencia de vigilancia epidemiológica estricta y constante. Se registraron 2.603 casos de dengue confirmados por IgM-dengue, durante el período 1995-2010. El estudio se realizó en Puerto Ayacucho, capital del estado Amazonas con 98.824 habitantes. Los casos confirmados se agruparon de acuerdo con la localización de su residencia. La información se representó espacialmente para analizar los patrones espacio-temporales del dengue, estableciéndose una estratificación de la ciudad. La prevalencia de dengue mostró una correlación positiva con la persistencia por barrio, lo que permitió agruparlos en dos clases: (1) alta prevalencia y persistencia, con 66% de los casos confirmados, y (2) baja prevalencia y persistencia, con 34% de los casos. Se demuestra que en Puerto Ayacucho existen “focos calientes” o de mayor transmisión y “focos fríos” o de transmisión transitoria. En conjunto, los barrios incluidos en la categoría de alta prevalencia y persistencia representan 65,1% del área urbana. Este es el espacio geográfico en el cual recomendamos concentrar los esfuerzos de control. La estratificación de la ciudad e identificación de los barrios productores de casos, mostrando las áreas donde es más probable la transmisión del virus, permitirá concentrar los esfuerzos para mitigarla. El enfoque de las actividades de control basado en una estratificación, permite dirigir los programas hacia áreas más problemáticas.