El estudio etiológico de la diarrea aguda en el niño se ve limitado por las técnicas actualmente disponibles con fines clínicos. La aplicación de técnicas de biología molecular en el análisis de deposiciones permite incrementar la detección de enteropatógenos y una caracterización fenotípica más acabada de las cepas aisladas permite describir mejor su diversidad y caracterizar epidemiológicamente los episodios observados en cada temporada estival. En un estudio piloto efectuado en la ciudad de Concepción, se aplicaron en el estudio etiológico de la diarrea en niños entre 0 y 4 años de edad consultantes en un servicio de urgencia, las técnicas convencionales de cultivo e identificación por pruebas bioquímicas según Edwards y Ewing, la búsqueda de genes de virulencia de Escherichia coli enterohemorrágica más el análisis de serotipo, biotipo, antibiotipo y perfil plasmidial de las cepas enteropatógenas aisladas. En 32 (25,3 por ciento) de 127 niños con diarrea de edad entre 5 meses y 4 años de detectó la frecuencia de los siguientes enteropatógenos: Shigella sonnei 13,4 por ciento Shigella flexneri 6,3 por ciento, Yersinia enterocolitica 2,4 por ciento, Shigella boydii 0,8 por ciento, Salmonella typhimurium 1,6 por ciento y Salmonella hadar 0,8 por ciento. La frecuencia de aislamiento aumentó en relación al aumento de la edad desde 0 por ciento en el grupo etario de 4 a 5 meses, 6,3 por ciento en el de 6 a 11 meses, 33,1 por ciento en el de 12 a 23 meses, hasta 68,7 por ciento en el grupo de 24 a 47 meses. Shigella spp. fueron las de mayor frecuencia relativa de aislamiento con 81,1 por ciento. El rendimiento de las determinaciones feno y genotípicas para estudio de biodiversidad fue variable en las especies. Las 8 cepas de S. flexneri se diferenciaron en 6 grupos en base a 3 serotipos, 5 antibiotipos y 5 perfiles plasmidiales. Las 17 cepas de S. sonnei se discriminaron en 11 grupos determinados preferentemente por los patrones plasmidiales. La amplificación aleatoria mediante RAPD en S. flexneri y S. sonnei no aportó mayor grado de biodiversidad que la establecida por las otras determinaciones. El antibiotipo y perfil plasmidial fueron útiles en discriminar en 2 grupos las 3 cepas de Y. enterocolitica, marcadores que además permitieron sugerir que las S. typhimurium aisladas serían una misma cepa