La profilaxis en cirugía se define como la administración de antibióticos con el fin de prevenir infecciones asociadas a procedimientos quirúrgicos. La comprensión de la fisiopatología de la infección de la herida operatoria es la clave de los principios básicos de la antibioprofilaxis. Ella nos enseña cómo se produce la contaminación bacteriana durante el acto quirúrgico, cómo está constituida la flora endógena removida según el tipo de cirugía y la importancia que tiene la existencia de un período vulnerable en el momento de administración de los antimicrobianos.

Estos principios básicos son:

la administración del antibiótico previa al inicio del acto quirúrgico para cubrir el período vulnerable; la elección del antibiótico que cubra la mayor cantidad de especies de la flora bacteriana contaminante; que sea poco tóxico; que no se use en infecciones severas; y la administración del fármaco en dosis plena.

Las indicaciones más aceptadas de antiprofilaxis en cirugía son:

las heridas limpias-contaminadas (cuyo beneficio ha sido documentado estadísticamente) y las heridas limpias donde la infección pudiera tener consecuencias catastróficas (por ejemplo cirugía cardíaca)