Los anticuerpos antifosfolipidos (aFL) han sido relacionados con trombosis venosa o arterial, trombocitopenia y aborto a repetición. Se encuentran en el Síndrome Antifosfolipido Primario (SAP), enfermedades autoinmunes, diversas infecciones y en usuarios de drogas. En 1990, se comunicó que los aFL requieren de un “cofactor” la proteína ß₂GPI, para unirse a fosfolípidos aniónicos, describiéndose posteriormente otras proteínas como: protrombina, proteína C y anexina V. La ß₂GPI es una glicoproteína plasmática (50 kDa) que se une a fosfolípidos aniónicos y otras moléculas cargadas negativamente. Usando péptidos sintéticos ß₂GPI mutante se ha podido determinar que la unión a los fosfolípidos ocurre en el dominio V de la GPI, lo que produce la exposición de epitopos crípticos en el dominio IV y la subsequente unión de los aFL. El uso de inmunoensayos ha hecho posible la demostración de anticuerpos anti ß₂GPI, los que están asociados a la producción de episodios tromboembólicos. El mecanismo de trombosis inmunomodulado e inducido por los aFL no ha sido dilucidado completamente.

Los mecanismos más relevantes propuestos son:

a) activación de células endoteliales, b) fibrinosis alterada, c) modificación de la reactividad de plaquetas y d) inhibición de anticoagulantes naturales.