El presente documento aborda el papel del profesional de Microbiología, como parte del conjunto de profesionales de salud, en el marco de las transformaciones del Sistema Nacional de Atención Costarricense. Se discute sobre los compromisos y desafíos profesionales que implican la gestión integral de la salud en el marco de la Reforma del Sector Salud y el Proceso de Modernización implementado por la Caja Costarricense de Seguro Social, así como la Readecuación en el Modelo de Asignación de Recursos. Se aportan elementos explicativos sobre la relación actual entre formación y práctica profesional, las posibles líneas educativas, así como el papel de las instituciones y organizaciones del estado para satisfacer las nuevas necesidades del Microbiólogo Químico Clínico.