Durante el año 1999 se realizó un monitoreo de los cinco sistemas lagunares de tratamiento de aguas residuales domésticas y de una planta de lodos activados que posee el Instituto Costarricense de Acueductos y Alcantarillados en Costa Rica. Este monitoreo consistió en toma y análisis de muestras bimensuales en el agua afluente y efluente de dichos sistemas de tratamiento. El objetivo de este trabajo es estudiar la eficiencia en la remoción de huevecillos de helmintos y quistes de protozoarios patógenos que tienen los diferentes sistemas de tratamiento y comparar los resultados con la epidemiología de las zonas correspondientes, al respecto. Las muestras se analizaron por el método de Ritchie modificado. Se encontró una baja eficiencia en la remoción de estos organismos por parte de la planta de lodos activados, en lo que respecta a Entomoeba histolytica, E. Coli, Blastocystis horminis y Lamblia intestinalis, y una lagunares. Estos resultados concuerdan con los datos sobre parasitosis por enteropatógenos, obtenidos de los diferentes hospitales y clínicas de las zonas en estudio.