Antecedentes. Microsporidium sp. se ha considerado una causa poco frecuente de diarrea en pacientes con SIDA. Sin embargo, el uso de algunas tinciones histoquímicas en la evaluación de las biopsias de intestino delgado, ha evidenciado incremento en su prevalencia. En México no existe información sobre la prevalencia y las características anatomoclínicas de este patógeno. Diseño. Se revisaron 98 biopsias de intestino delgado teñidas con HE y Giemsa de pacientes con SIDA y diarrea crónica (enero 1987-diciembre 1994). La información clínica y de laboratorio se obtuvo de los expedientes clínicos. Resultados. En 50 pacientes se identificaron patógenos oportunistas en las biopsias de intestino delgado. Microsporidium sp. se identificó en 30 pacientes (prevalencia de 31 por ciento). En 24 de 30 se obtuvo información del expediente clínico. Todos los pacientes (17/24 hombres, 7/24 mujeres) se encontraba en estadio C3 de SIDA con edad promedio de 33 años. Los factores de riesgo para SIDA fueron homosexualidad en hombre y transfusiones en mujeres. Se identificó nivel socioeconómico bajo en 75 por ciento de los casos. La manifestación inicial de SIDA fue diarrea en 67 por ciento. La cuenta de CD4 fue < 200/mm3 en 13/24 y > 200/mm3 en 2/24. Los exámenes de heces y la interpretación inicial de la biopsia fue negativa para Microsporidium sp. En la revisión de las biopsias, se identificó inflamación linfoplasmocitaria con eosinófilos y atrofia intestinal en un alto porcentaje de casos. Las esporas se tiñeron de color rojo pálido. Conclusión. Microsporidium sp. fue frecuente en pacientes de nivel socioeconómico bajo, en estadio C3 de SIDA con cifras de CD4<200 mm3. La tinción de Giemsa es un método útil y barato para la identificación de esporas y merontes de Microsporidium sp