Caracterización genotípica de 80 cepas del género Mycobacterium en Uruguay

Cortinas, María Noel; Fernández, Marina; Valeta, María Inés; Uriarte, María del Rosario; Mogdasy, María Cristina

Los métodos tradicionales de identificación fenotípica del género Mycobacterium son lentos y poco sensibles, requiriéndose cuatro a seis semanas para lograr un diagnóstico apropiado a partir de un cultivo positivo. Los procedimientos moleculares han permitido acortar este período, obteniéndose resultados entre las 36 a 72 horas. En nuestro país la incidencia de M. tuberculosis es baja y no existen datos acerca de con qué frecuencia los casos diagnosticados como tuberculosis pulmonar son en realidad causados por Mycobacterium no tuberculosis (MNT), normalmente saprofitas. Desde el punto de vista terapéutico, el diagnóstico etiológico a través de la identificación precisa de la especie de Mycobacterium infectante resulta un aporte significativo, dado que el tratamiento y el manejo de sus contactos son diferentes según sea la especie involucrada. Por estas razones se introdujo en nuestro laboratorio el diagnóstico de Mycobacterium a través de su identificación genotípica.

Para ello se eligieron dos marcadores moleculares de ADN:

la secuencia de inserción IS6110, característica de los genomas del complejo M. tuberculosis, y la secuencia del gen ribosomal 16s (ADNr 16s) para estudiar la identidad específica dentro del género Mycobacterium. Una vez puestas a punto las técnicas moleculares seleccionadas, se procedió al estudio retrospectivo de una colección de 80 aislamientos, identificados como Mycobacterium por métodos fenotípicos. La mayoría de los aislamientos (75/80) resultaron cepas del complejo M. tuberculosis. Los restantes cinco fueron identificados como cepas MNT, tres de ellas causantes de infecciones pulmonares.

Summary Traditional methods to determine phenotype identification for mycobacterium are longer as compared with cellular procedures (4 to 6 weeks and 36 to 72 hours respectively). In Uruguay, the incidence of tuberculosis Mycobacterium is low and data on pulmonary tuberculosis cases but caused by non-tuberculosis Mycobacterium (MNT) -normally saprophytes- is lacking. From a therapeutic point of view, diagnosis based on an accurate identification of Mycobacterium infectant may be significant since treatment and management differ according to the strain found.

Two DNA molecular markers were chosen in our laboratory to diagnose Mycobacterium through genotype identification:

IS6110 insertion element and ribosomal DNA sequences 16s (DNAr 16s) to determine specific identity within Mycobacterium. Once selected molecular techniques were updated, we undertook a retrospective study of 80 isolates identified as Mycobacterium by phenotype methods. Most of the isolates (75/80) were tuberculosis Mycobacterium strains. The remained five were identified as MNT strains, of which three caused pulmonary infections.

Résumé Les méthodes traditionnelles d'identification phénotypi-que du genre Mycobacterium sont lentes et peu sensibles, quatre à six semaines étant nécessaires pour avoir un diagnostic approprié à partir d'une culture positive.

Les procédés moléculaires ont permis de raccourcir cette période:

on obtient des résultants au bout de 36-72 heures. Dans notre pays, l'incidence de M. tuberculosis est basse et il n'y a pas de registres pour savoir la fréquence avec laquelle les cas diagnostiqués comme tuberculose pulmonaire sont en réalité causés par Mycobacterium non tuberculose (MNT), normalement saprophytes. Du point de vue thérapeutique, le diagnostic étiolo-gique à travers l'identification précise de l'espèce de mycobacterium infectante est un apport important, étant donné que le traitement varie selon l'espèce en question. Voilà pourquoi on a introduit dans notre laboratoire le diagnostic de Mycobacterium à travers son identification génotypique. Pour ce faire, on a choisi deux marqueurs moléculaires d'ADN: la séquence d'insertion IS6110, caractéristique des génomes du complexe M.tuberculose, et la séquence du gène ribosome 16s (ADN 16s) pour étudier l'identité spécifique dans le genre Mycobacterium. Une fois mises à point les techniques moléculaires sélectionnées, on fait une étude rétrospective d'une collec-tion de 80 isolements, identifiés comme Mycobacterium par des méthodes phénotypiques. La plupart des isolements (75/80) étaient des cèpes du complexe M. tuberculose. Les autres cinq ont été identifiés comme des cèpes MNT, dont trois étant la cause d'infections pulmonaires.