A partir de 1993 se pasó a una etapa de lenta recomposición sin un rumbo general, que llegó a revirar la tendencia de retroceso y descomposición de los años anteriores. Se habla entonces de una etapa de reforma sanitaria silenciosa, que se desarrolla como un proceso de reconfiguración desregulada del sistema sanitario peruano. En los primeros 5 años de gobierno del Presidente Fujimori, los analistas plantean que se ha vivido hasta 9 grandes cambios bajo la modalidad de reforma no sistemática o por acumulación, en otras palabras, reforma sin Reforma.

Estos cambios son:

1) La reconversión paulatina de los hospitales del Ministerio de Salud en entidades semi privadas. 2) La multiplicaciòn de presiones cruzadas sobre la demanda en salud y su resegmentación continua conforme los cambios en la oferta de servicios. 3) La reforma subsectorial del ex Instituto Peruano de Seguridad Social. 4) La reconstitución del sector gran privado en salud con los seguros privados y sus nuevas modalidades operativas. 5) La emergencia del nuevo subsector privado sin fines de lucro, con la acción de la iglesia, algunas municipalidades y de los organismos no gubernamentales. 6) El cambio en los procesos de trabajo médico y el transito último de la crisis de empleo a la ocupación plena. 7) La dualización de la atención médica y el refugio de los sectores desprotegidos en la automedicación y medicina tradicional. 8) La ampliación del financiamiento y de la cooperación externa a partir de 1993. 9) La repotenciación de la red periférica de salud y el despliegue de múltiples iniciativas parciales