En función de los escasos estudios publicados sobre los comités de ética en investigación (CEI) de Argentina, este trabajo tiene como objetivo describir la estructura y funcionamiento de los CEI de instituciones de la Ciudad Autónoma de Buenos Aires y el Gran Buenos Aires. Con ese fin, se realizó un estudio descriptivo, cuali-cuantitativo, a partir de la aplicación de una encuesta entre marzo y julio de 2012. La muestra quedó conformada por 46 CEI. El 40% de sus miembros eran médicos y la distribución por sexo y edad se adecuaba a la normativa. Se encontraron falencias en la cantidad de metodólogos, representantes de la comunidad, abogados y miembros externos a las instituciones, falta de personal administrativo y de lugar fijo para las reuniones, presupuestos escasos para gastos y poco entrenamiento en ética de la investigación. Algunos de los encuestados reportaron problemas de relación con la institución y los investigadores, y con el tiempo disponible para realizar la tarea.