El empleo de los agentes antimicrobianos en el tratamiento de la diarrea del niño tiene como fundamento el propósito de limitar o impedir el crecimiento de microorganismos patógenos logrando, a veces, la destrucción bacteriana y otras interfiriendo la penetración a la mucosa intestinal para impedir la bacteriemia y, eventualmente, la sepsis generalizada. Entre los antimicrobianos más usados están los antibióticos y los quimioterápicos; aunque es preciso apuntar que el uso indiscriminado de estos medicamentos constituye un problema médico ya que provocan, a causa de esto, reacciones adversas como también inducen el desarrollo de resistencia en las bacterias hacia los antibióticos. En este sentido se hace hincapie en el señalamiento de que la indicación de antibioticoterapia en la diarrea debe estar determinada por el cuadro clínico del paciente y el tipo de germen aislado; además para el tratamiento de la diarrea aguda el empleo de antibioticos y quimioterápicos solo esta indicado en menos del 10% de los pacientes.

Por tales razones el uso de antimicrobianos debe reservarse para los pacientes que presenten:

1.Diarreas invasivas con manifestaciones clínicas de moderadas a severas producidas por shigella dysenteryae o flexneri, escherichia Coli enteroinvasiva y algunas cepas de escherichia coli enteropatógenas, campylobater fetus jejuni, salmonella typhi y clostridium defficile. 2.Diarrea secretoria producida por el vibrón colérico. 3.Diarrea producida por formas trofozoíticas de Entamoeba hystolitica. 4.Diarrea producida por giardia lamblia y 5.Para los niños menores de cinco años se prescriben especificos medicamentos