Los aspectos de saneamiento básico dentro del programa MASICA procuran el manejo integral de las cuencas y la elaboración de los planes nacionales de recursos hídricos.

Los componentes para lograrlo son:

coordinación, políticas y normas e instrumentos legales; capacitación; investigaciones aplicadas y tecnologías alternativas; vigilancia epidemiológica y atención primaria de salud asociada al agua de consumo humano; participación social y vigilancia y monitoreo de las fuentes de consumo. Este último componente es la columna vertebral del proyecto