La investigación fitoquimica fue llevada a cabo paralelamente con la investigación microbiologica, tomado en cuenta la actividad antibacteriana y antimicótica de cada una de las plantas medicinales. Los resultados obtenidos del Screening Fitoquímico Preliminar de las 63 plantas medicinales investigadas, pertenecientes a 28 familias, 49 géneros y 63 especies, son los siguientes: Alcaloides en 20, esteroles en 46, Flavonoides en 23, taninos en 35 Saponinas en 24, Artraquinonas en 18, Heterósidos Cardiotónicos en 8, Sesquiterpenolactonas en 5 y Cumarinas en 9.

Se seleccionó cuatro plantas:

Monina obtusifolia, Heisteria acuminata, Schinus molle, Baccharis tiendalensis, cuyos extractos totales presentaron una actividad antibacteriana y/o antimicótica excelente para continuar con el fraccionamiento y purificación de metabolitos bioactivos. De aquellas fracciones que tienen actividad antibacteriana y/o antifúngica excelente, se aisló, purificó, y caracterizó metabolitos secundarios que mantienen esta actividad biológica: Bifénilos y Xantonas en Monina obtusifolia y sesquiferpenos y triterpenos en Schinus molle.