A tolerância imunológica a antígenos próprios do organismo é um estado fisiológico, adquirido ao longo do desenvolvimento, envolvendo vários mecanismos, para preservar os tecidos do indivíduo. Ambos repertórios, de linfócitos T e B, sao tolerizados por mecanismos interconectados, que ocorrem em dois níveis: 1) órgaos linfóides primários (tolerância central), e 2) órgaos linfóides periféricos e sangue circulante (tolerância periférica). A deleçao, por apoptose, de clones Te B imaturos, em timo e medula óssea, respectivamente, constitui o principal mecanismo de tolerância, através da seleçao negativa de células com potencial de auto-reatividade.

Este processo é influenciado por diversos fatores:

grau de afinidade, pelo ligando, do receptor específico para o antígeno, dos linfócitos T e B; concentraçao e natureza do antígeno reconhecido; interaçao de co-receptores e de moléculas de adesao. A detecçao de clones T e B auto-reativos, no repertório periférico normal, confirma a possibilidade de escape à deleçao clonal. Por um lado, linfócitos maduros podem ser potencialmente auto-agressivos, e ainda tolerizados, em periferia, através de mecanismos descritos principalmente para o compartimento T: deleçao clonal, anergia clonal (ocupaçao do receptor, em ausência de co-estimulaçao) e imunossupressao (por células ou citocínas). Por outro lado, o conceito de auto-reatividade fisiológica é introduzido, para se diferenciar de doença auto-imune (auto-reatividade patológica). As doenças auto-imunes se desenvolvem por falhas na manutençao da tolerância, cujas causas sao múltiplas: terreno genético individual, sobretudo genes que regulam a apresentaçao e reconhecimento antigênicos, e fatores ambientais (dieta, infecçoes virais ou bacterianas).