Na literatura disponível sobre os programas de rastreamento para o hipotireoidismo congênito tem-se mencionado como objetivo principal, a prevençäo das seqüelas neurológicas decorrentes do diagnóstico e tratamento tardios desta afecçäo. No entanto, tem-se observado que, mesmo com a disseminaçäo destes programas pelo mundo e o início precoce do tratamento, algumas disfunçöes neurológicas ainda säo notadas, o que leva um contigente significativo destas crianças a necessitarem de ensino especializado em tempo integral. Neste trabalho é feita uma revisäo bibliográfica sobre a embriologia do sistema nervoso e suas inter-relaçöes com o desenvolvimento do eixo hipotálamo-hipófise-tireoidiano fetal; as alteraçöes fisiopatológicas e bioquímicas que podem ocorrer no sistema nervoso em decorrência da hipotiroxinemia, seja de início pré-natal - quando é possível haver participaçäo materna na etiopatogenia -, seja de surgimento após o parto, quando a disfunçäo tireoidiana é exclusivamente oriunda do feto; e uma abordagem sobre as repercussöes a nível comportamental e de aprendizado. Embora o rastreamento neonatal tenha a sua indiscutível importância na melhoria das condiçöes de vida da populaçäo em geral, as lesöes ocorridas na fase pré-natal que näo säo evitadas com os programas de rastreamento neonatais convencionais, nos levam a pensar que o ideal seria incluir uma forma de rastreamento para o hipotireoidismo nas rotinas de acompanhamento pré-natal para que se possa garantir o desenvolvimento neurológico pleno desta populaçäo.