O objetivo do estudo foi avaliar o custo-efetividade de diferentes rotinas diagnósticas para o rastreamento de hipotiroidismo congênito (HC), realizadas pela Secretaria Municipal de Saúde de Campos, Estado do Rio de Janeiro, em 1994. Inicialmente, 1.383 crianças foram rastreadas entre maio e julho através das dosagens de T4 e TSH pelo enzima-imunoensaio (ELISA), com um percentual de reconvocação de 3,69 por cento, sendo a confirmação diagnóstica realizada pela dosagem de T3, T4 e TSH por radioimunoensaio (RIA). Em vista deste alto índice de reconvocação, a partir de dezembro do mesmo ano, substituímos tal rotina e dosamos apenas o TSH pelo método imunofluorométrico (IFMA). Nesta segunda etapa compareceram 1.109 crianças até fevereiro de 1995, sendo o percentual de reconvocação de 0,27 por cento. A confirmação da doença foi feita através da dosagem de T4 e TSH séricos (RIA). Projetando os nossos gastos em toda a população de nascidos-vivos em Campos no ano de 1994, conlcuímos que teríamos uma economia de 52,36 por cento com o segundo método de rastreamento, para a detecção de dois casos de hipotiroidismo congênito ao ano. Assim, a implantação de um Programa de Rastreamento de Doenças Neonatais requer uma criteriosa avaliação do seu custo-efetividade, para que evitemos gastos excessivos aos cofres públicos e para o aprimoramento dos serviços de saúde prestados à comunidade.