Foram estudados 71.262 recém-nascidos (RN) vivos através de dosagem de TSH pelo método imunofluorométrico no sangue do cordão umbilical colhido em papel de filtro, considerando-se valor de corte 40 mUI/ml, durante o período de 1990-1991. Deste total, 29.870 provenientes de sete maternidades da Fundação hospitalar do Distrito Federal (FHDF) e 41.392 de areas suficientes de iodo, consideradas controle. A implantação do programa foi realizada de forma gradativa nas maternidades, observando-se porcentagem total de cobertura de 62 por cento com índices variáveis entre as maternidades, provavelmente devido a problemas administrativos. Dentre os 29.870 RN da FHDF, 0,144 por cento apresentaram valores acima de 40 mUI/L, frequência de 1:695 casos, enquanto no grupo controle observamos 0,075 por cento e frequência de 1:1335 casos. Nos primeiros, encontramos 10 casos com valores de TSH acima de 100 mUI/L, com freqúência de 1:2.980 casos diagnosticados da doença, e no grupo controle, cinco casos e frequência de 1:8.278. O rastreamento de hipotiroidismo congênito tem condições de instalar-se definitivamente no Distrito Federal com algumas medidas de ajuste ao programa. Observamos maior incidência da doença no Distrito Federal em relação as regiões suficientes de iodo no Brasil, tornando-se necessário a comprovação de deficiência de iodo nessa região.