O hipotireoidismo congênito (HC) ocorre, mundialmente, em 1/3000-4000 neonatos e pode ser classificado em permanente ou transitório. O HC primário é responsável pela maioria dos afetados, enquanto o secundário e terciário säo raros. Nos países iodo-suficientes, a disgenesia tireóidea (DT) é a causa mais frequent de HC. Os defeitos hereditários da síntese hormonal ocorrem em minoria de crianças portadoras de HC. Fatores ambientais, genéticos e auto-imunes concorrem na etiolgia do HC, mas na maioria dos casos de DT a causa é obscura. Atribui-se aos genes envolvidos na antogenia da glândula tireóidea, como os fatoresde transcriçäo TITF1, TITF2, PAX-8 e receptor de TSH (TSHR), funçäo patogenética na DT. Até o momento näo foi descrita anormalidade no gene TITF1 como causa de HC, enquanto foram identificadas mutaçöes no PAX-8 em cinco recém-nascidos com DT. Embora näo envolvidas na DT, mutaçöes inativadoras do TSHR podem produzir espectro de defeitos congênitos entre hipertirotropinemia com eutireoidismo e hipotireoidismo com hipoplasia glandular. A clonagem dos genes envolvidos na biossíntese dos hormônios tireóideos., como o da tireoperoxidase (TPO) e tireoglobulina (Tg), permitiu a identificaçäo de mutaçöes responsáveis por alguns casos de bócio e hipotireoidismo decorrente de defeito de incorporaçäo de iodeto ou anormalidades na síntese de Tg. Recentemente, foi demonstrada a base molecular do defeito de transporte ativo de iodeto e da síndrome de Pendred, respectivamente, devidas a mutaçöes do gene NIS (simportador de sódio e iodeto) e no gene PDS (pendrina). Em conclusäo, grande parte dos pacientes com HC e DT näo tem esclarecida, ainda, a causa molecular desta síndrome.