Embora muitos eventos que participam do processo de desenvolvimento sexual normal näo estejam elucidados, está estabelecido que a determinaçäo do sexo gonadal é a responsável pela diferenciaçäo sexual durante a vida fetal. Deste processo participam vários genes que interagem entre si, como SRY e DAX 1, localizados nos cromossomos sexuais e os autossõmicos WT-1, SF-1 e SOX9. Sua açäo na determinaçäo gonadal ainda näo está esclarecida, mas mutações identificadas nestes genes resultaram na ausência da formaçäo gonadal ou na presença de gõnadas disgenéticas. A diferenciaçäo da genitália interna masculina incluindo a descida testicular, requer secreçäo e açäo local normal da testosterona nos ductos de Wolf e do hormônio anti mülleriano (HAM) nos ductos de Müller, impedindo sua diferenciaçäo. Os genes Insl3 e HOX participam da descida intra-abdominal dos testículos na espécie humana, e a descida inguino-escrotal é controlada pelos andrógenos, sendo os principais genes envolvidos nessa fase da embriogênese o do receptor de andrógenos, o do HAM e o do seu receptor. Mutações em um desses genes resultam em ambigüidade e/ou subdesenvolvimento da genitália interna masculina. No sexo feminino, os genes da família Wnt (Wnt-7a e Wnt-4) parecem ter um papel no desenvolvimento dos ductos Müllerianos e na supressäo da diferenciaçäo das células de Leydig no ovário. A ambigüidade genital pode resultar da deficiência da produçäo de testosterona pelas células de Leydig, de distúrbios no receptor androgênico ou de defeito na metabolizaçäo da testosterona pela 5a-redutase 2.

Estäo envolvidos nesta fase da diferenciaçäo os seguintes genes:

do receptor do LH/hCG, do CYP11A1, do P450scc, do CYP17, do HSD3B2 e do HSD17B3 que codificam as respectivas enzimas envolvidas na síntese de testosterona, além do gene do receptor androgênico e do gene SRD5A2. Avanços na compreensäo dos mecanismos envolvidos nos processos da determinaçäo e diferenciaçäo sexual foram possíveis com os novos conhecimentos de biologia molecular. Diversas etapas deste processo seräo ainda esclarecidas com a identificaçäo de novos genes, que também participam deste complexo mecanismo de interações gênicas.