Utilizou-se uma reação em cadeia de polimerase (PCR) previamente desenvolvida para a amplificação de parte da região única longa 27 (UL27) do genoma de herpesvírus bovino 1.1 (BoHV-1), que codifica a glicoproteína B, buscando a diferenciação entre isolados de BoHV-1.1 e BoHV-5. Os produtos de PCR gerados a partir de isolados de BoHV-1.1 e BoHV-5 mostraram padrão de amplificação diferenciado em seus tamanhos moleculares. Analisando as seqüências de nucleotídeos dos produtos de PCR obtidos de dois isolados de BoHV-5, juntamente com as seqüências dos produtos de PCR obtidos de um isolado de BoHV-1.1 e de três isolados de BoHV-1.2, previamente depositados no GenBank, verificou-se que a diferença observada na amplificação se deve ao número de repetições de G-C presentes no final da região codificadora da gB, particularmente nas seqüências 5'-G(A/T)CC-3'. A análise dessas seqüências-motivo desponta como uma ferramenta auxiliar na diferenciação entre isolados de BoHV-1.1, BoHV-1.2 e BoHV-5.