A aquicultura é um setor da produção animal que apresenta crescimento em grande escala e, como em todo sistema intensivo, nele também é necessário o uso de medicamentos veterinários, como os antimicrobianos. O uso indiscriminado ou em excesso, porém, pode levar à ocorrência de inúmeras questões de caráter sanitário, entre as quais a possibilidade de seleção de estirpes bacterianas resistentes ao agente originariamente utilizado, o qual tem sua eficácia seriamente reduzida ou anulada e favorecendo, por essa razão, uma série de bacterioses que podem afetar decisivamente a produção e a produtividade da exploração aquícola. O uso incorreto dos antimicrobianos, portanto, põe em risco tanto a saúde animal quanto a humana, já que o homem pode se contaminar por meio de resíduos das substâncias aplicadas, afetando tanto sua saúde quanto a do meio ambiente. Ademais, a economia da produção estará ameaçada, porquanto toda a cadeia produtiva estará depreciada em seu rendimento. O cultivo do salmão do Atlântico (Salmo salar L, 1758) foi tomado como paradigma da situação descrita, sendo o Chile o país produtor referenciado, já que ocupa o segundo lugar no ranking mundial dos produtores de salmonídeos, tendo sua produção exportada para muitos países e sendo o Brasil um de seus importadores. Buscou-se neste trabalho, portanto, balizar os riscos representados pela utilização incorreta dessas substâncias na produção desse salmonídeo, que podem afetar a produtividade da exploração e, ao mesmo tempo, tornar o alimento não tão seguro para o consumidor. Conclui-se que, embora indispensáveis para a produção animal, uma vez que evitam perdas pelo controle das bacterioses, os antimicrobianos devem ser administrados de forma responsável e seguindo um manual de boas práticas, sob risco de, não o fazendo, tornar a exploração economicamente inviável e, sobretudo, comprometendo a saúde do consumidor e do meio ambiente. Compete às autoridades sanitárias, especificamente ao Serviço de Inspeção Federal, do Ministério da Agricultura, Pecuária e Abastecimento, zelar para a correta aplicação de tais agentes e, acima de tudo, controlar os seus resíduos nos alimentos de origem animal produzidos.