El objetivo de este trabajo es comparar los indicadores bibliométricos básicos del área de anatomía y morfología dentro de las bases de datos de Web of Science (en adelante WoS) y Scopus. La metodología llevada a cabo se basa en una búsqueda bibliométrica realizada en Web of Knowledge y Scopus. La muestra la conforman el conjunto de revistas indexadas en ambas bases de datos del área citada. Los resultados indican que el número de revistas fue mayor en Scopus que en WoS (42 vs. 21). El índice citas/artículo global es mayor en Scopus. Solamente hay dos revistas que permiten publicar sus artículos en un idioma diferente al inglés en WoS y tres en Scopus. En WoS, los valores de factor de impacto y del índice h tienen una correlación de 0,17, mientras que en la base de datos Scopus los valores de correlación entre el factor de impacto y del índice h, son muy superiores, tiene una correlación de 0,79. La mayoría de revistas están editadas en países anglosajones. Las conclusiones del estudio nos llevan a resaltar que existe un mayor número de revistas y citas en Scopus comparado con WoS. La utilización del factor de impacto para la evaluación de una revista parece ser un indicador más conveniente a corto plazo, siendo el índice h un indicador que refleja la influencia a largo plazo de una publicación y posiblemente refleja mejor la categoría científica de ésta. En la actualidad es conveniente aconsejar el uso de varios índices en la evaluación de la calidad de las revistas.