Con el objeto de caracterizar las poblaciones fúngicas, en particular las especies potencialmente micotoxigénicas, que pueden contaminar los granos de maíz almacenados en silos bolsa con un contenido de humedad superior al recomendado como seguro, se evaluaron 270 muestras extraídas al inicio, a los 90 días y al final de un período de almacenamiento de 5 meses. En dichas muestras se cuantificó e identificó la biota fúngica y se determinó la contaminación con fumonisinas y aflatoxinas. Asimismo, se evaluó el efecto de factores extrínsecos (ambiente), intrínsecos (granos) y tecnológicos (ubicación de los granos en el perfil del silo bolsa) sobre las poblaciones totales y micotoxigénicas. El pH de los granos y el nivel de O2 se redujeron significativamente a los 5 meses, mientras que la concentración de CO2 se incrementó en igual período. Los recuentos totales de la micobiota fueron significativamente mayores en los granos ubicados en el estrato superior del silo bolsa. Se identificaron especies micotoxigénicas de Fusarium, Aspergillus, Penicillium y Eurotium. La frecuencia de aislamiento de Fusarium verticillioides se redujo al final del almacenamiento y Aspergillus flavus solo se aisló en el inicio del almacenamiento. Los recuentos de Penicillium spp. y Eurotium spp. se incrementaron al final del almacenamiento. El 100 % de las muestras presentaron contaminación con fumonisinas, con niveles máximos de 5,707 mg/kg, mientras que las aflatoxinas contaminaron el 40 % de las muestras con niveles máximos de 0,0008 mg/kg. Las condiciones ambientales y de sustrato generadas durante el almacenamiento produjeron cambios en la composición de las poblaciones fúngicas y limitaron el desarrollo de hongos micotoxigénicos y la producción de micotoxinas.