Este estudo avaliou a influência das variáveis físicas, químicas e físico-químicas da água sobre a biomassa da comunidade perifítica e verificou as diferenças entre seis estações amostrais ao longo do rio São Mateus: duas a montante da cidade de São Mateus, Estado do Espírito Santo (E1, E2), duas ao longo (E3, E4) e duas a jusante da cidade (E5, E6). O perifíton foi coletado de raízes de Eichhornia crassipes (Mart.) Solms. As amostragens foram realizadas em intervalos semanais, em setembro e outubro/2010. A biomassa perifítica foi estimada por meio da clorofila a, biovolume, massa seca, massa seca livre de cinzas e cinzas. Maiores valores de clorofila foram registrados em E1, enquanto o biovolume total apresentou valores mais elevados em E4 e E3. Quanto aos valores de massa seca perifítica, a parte inorgânica foi mais elevada, nas estações ao longo e a jusante da cidade. A variação da biomassa perifítica foi influenciada pela disponibilidade de nutrientes (fósforo e nitrogênio), assim como pela turbidez, como constatado pela CCA. Os resultados sugerem que a entrada de material alóctone, proveniente principalmente das atividades antrópicas (piscicultura e lançamento de efluentes domésticos e industriais) alteram a qualidade da água (como evidenciado na PCA), assim como as comunidades presentes.