O artigo analisa a estratégia de cooperação estruturante em saúde, procurando destacar seu significado como método de promover políticas institucionais para aperfeiçoar o modelo de gestão. No âmbito da saúde, chama a atenção para a diferença que representa em relação à cooperação tradicional mais orientada à doenças, enquanto esta abordagem está centrada no sistema de saúde, reforçando a governança global e aplicando os Objetivos de Desenvolvimento Sustentável (ODS), que ampliam uma influência multisetorial. Tal abordagem potencializa a cooperação com o estabelecimento de redes de Instituições estruturantes, incluindo as relações entre os países participantes no âmbito de seus Institutos Nacionais de Saúde, e Escolas de Saúde Pública e de Pessoal Técnico. Como exemplo se aplica na União de Nações Sul Americanas (UNASUL) e na Comunidade de Países de Língua Portuguesa (CPLP) especialmente na África. Finalmente, ressalta a importância dessa estratégia na relação sul-sul, visando as reais necessidades dos países parceiros em oposição às assimetrias nas dimensões econômicas e cientificas que se observam na cooperação oferecida pelos países desenvolvidos.