Para o estudo da microbiota anaeróbia e facultativa da conjuntiva normal de recém-nascidos no período neonatal, 193 amostras da secreçäo do fundo de saco conjuntival foram obtidas. Durante o período neonatal os recém-nascidos foram divididos em 3 grupos: I- recém-nascidos imediatamente após o parto; II- do nascimento até 15 dias de vida; III- recém-nascidos entre 15 e 28 dias de vida. Cento sessenta e sete amostras apresentaram crescimento bacteriano positivo, sendo isolados 183 microrganismos num total de 12 espécies bacterianas. Entre as bactérias facultativas, Staphylococcus aureus foi o microrganismo isolado mais frequente e entre os anaeróbios Bacteroides sp. Em todos os grupos, Staphylococcus aureus foi o microrganismo mais frequente. Bactérias anaeróbias obrigatórias foram isoladas em maior frequência no terceiro grupo. Foi demonstrado maior número de culturas positivas e isolamento de S. aureus em recém-nascidos de parto normal e com ruptura das membranas. O presente estudo demonstra a existência de uma flora conjuntival normal e facultativa durante o período neonatal, revelando que a colonizaçäo começa imediatamente após o nascimento e o número de culturas positivas está relacionado com o tempo de exposiçäo individual