O conteúdo protéico do humor aquoso de 20 pacientes portadores e Glaucoma Congênito Primário e 18 de Catarata Congênita foi submetido a análise quantitativa e qualitativa. O humor-aquoso foi coletado através de paracentese em pré-operatório imediato. A concentração total das proteínas do humor aquoso de todos os pacientes, foi avaliada pelo método de BRADFORD e mostrou que o conteúdo protéico total é maior nos pacientes com Glaucoma Congênito Primário quando comparado aos pacientes com Catarata Congênita, sendo a diferença, estatisticamente significante. À análise qualitativa foi realizada pela Unidade Automatizada - Phast System, utilizando-se gel SDS-PAGE com gradiente 8 - 25 por cento, corado pela prata. Todas as placas de gel revelaram a presença bem marcante da proteína de 67 KD (Albumina). Outras proteínas, de alto e baixo peso molecular foram reveladas, com incidência estatisticamente não significante.