Genome misclassification of Klebsiella variicola and Klebsiella quasipneumoniae isolated from plants, animals and humans

Martínez-Romero, Esperanza; Rodríguez-Medina, Nadia; Beltrán-Rojel, Marilu; Silva-Sánchez, Jesús; Barrios-Camacho, Humberto; Pérez-Rueda, Ernesto; Garza-Ramos, Ulises

Abstract:

Objective: Due to the fact that K. variicola, K. quasipneumoniae and K. pneumoniae are closely related bacterial species, misclassification can occur due to mistakes either in normal biochemical tests or during submission to public databases. The objective of this work was to identify K. variicola and K. quasipneumoniae genomes misclassified in GenBank database.

Materials and methods:

Both rpoB phylogenies and average nucleotide identity (ANI) were used to identify a significant number of misclassified Klebsiella spp. genomes.

Results:

Here we report an update of K. variicola and K. Quasipneumoniae genomes correctly classified and a list of isolated genomes obtained from humans, plants, animals and insects, described originally as K. pneumoniae or K. variicola, but known now to be misclassified.

Conclusions:

This work contributes to recognize the extensive presence of K. variicola and K. quasipneumoniae isolates in diverse sites and samples.

Resumen:

Objetivo: Identificar genomas mal clasificados de K. variicola, y K. quasipneumoniae en la base de datos del GenBank.

Material y métodos:

En el presente estudio se usaron tanto análisis filogenéticos usando rpoB como la identidad media de nucleótidos (ANI, por sus siglas en ingles) para identificar un número significativo de genomas del género Klebsiella.

Resultados:

Se reportó una actualización de genomas de K. variicola y K. quasipneumoniae correctamente clasificados y una lista de aquellos aislamientos obtenidos de seres humanos, plantas, animales e insectos, descritos originalmente como K. pneumoniae o K. variicola pero ahora se conoce que están mal clasificados.

Conclusiones:

Este trabajo contribuye a la presencia extensiva de aislamientos de K. variicola y K. quasipneumoniae en diversos sitios y muestras.