O objetivo deste estudo foi investigar o impacto do uso de um sistema computadorizado de registro médico no número e qualidade de publicações científicas, em um hospital universitário. Para essa análise foram consideradas comparativamente as produções de trabalhos científicos de professores dos Departamentos de Ginecologia e Obstetrícia de duas universidades federais brasileiras. Na primeira delas comparou-se a produção de sete anos antes com a de três anos depois da implantação de um sistema eletrônico de monitoramento da qualidade da assistência obstétrica, o SISMater®.A outra, com registro em prontuário de papel, serviu como controle. Houve uma queda geral de 5% na produção/professor/ano na maternidade com sistema eletrônico, enquanto que no controle a variação no mesmo período foi elevação de 55%. Não foram encontradas evidências de que a informatização de parte dos registros médicos nesta maternidade tenha resultado em impacto imediato na produção científica publicada. Há ainda expressivos desafios para que o uso dos sistemas eletrônicos de informação na saúde possam beneficiar diretamente a disponibilidade e qualidade de dados deforma a fomentar diretamente o avanço da ciência médica em instituições acadêmicas de ensino e pesquisa.