Objetivo. Proponer una estrategia para la vigilancia por laboratorio de las enfermedades crónicas no transmisibles (ECNT), bajo la hipótesis de que los resultados de laboratorio de los analitos metabólicos se pueden distribuir en dos poblaciones con medias diferentes. Métodos. Estudio analítico, retrospectivo, con resultados de tamiz metabólico en 5241 recién nacidos, en los años 2014 y 2015, en cuatro hospitales, uno en Pereira, uno en Popayán, uno en Barranquilla y uno en Neiva, mediante Espectrometría de masas en Tándem, en un sistema TQD-Waters, kit Neobase™ para determinación de moléculas pequeñas en sangre. Por z-score se seleccionaron valores altos para construir la muestra anormal y los restantes datos constituyen la muestra normal. Se compararon las medias de las dos poblaciones para cada analito, con la prueba t, (p<0.05). Resultados. Las 5241 muestras se analizaron para 44 moléculas de aminoácidos y acilcarnitinas de ácidos orgánicos. Para cada analito se observaron del 3% al 5% de valores altos (z-score>3). Las medias de las dos poblaciones, anormal y normal, difieren a un nivel significativo (p<0.05). Discusión. Los estudios regionales con modelos planteados a nivel mundial para la vigilancia de ECNT, consideran factores socio-demográficos, somatometría y nutrición. El laboratorio clínico es una fuente de información, mediante el monitoreo de indicadores metabólicos. Se demostró que los resultados de análisis de una molécula se pueden agrupar y distribuir según una población anormal cuya media es un indicador objetivo. Conclusiones. Es posible utilizar los datos de laboratorio para monitoria de la variación de un analito, con el fin de aplicarlo para la vigilancia en salud pública de las ECNT.