Resumen Introducción. Para el fortalecimiento de la calidad del diagnóstico de malaria en Colombia, se desarrollan los Programas de Evaluación del Desempeño (PED) en los que participan laboratorios privados y públicos del país. Objetivo. Analizar los resultados obtenidos en los programas de evaluación del desempeño de malaria de los laboratorios de salud pública y privados de Colombia en el lapso 2015-2016. Materiales y métodos. Se realizó un estudio de tipo retrospectivo mediante la revisión de los resultados obtenidos por los LSP y laboratorios privados participantes en los programas de evaluación directa e indirecta del desempeño (PEDD, PEID) de malaria durante los años 2015 y 2016 en términos de participación, concordancia de positividad y negatividad (Índice Kappa de Cohen), concordancia de especie, de formas parasitarias y de recuento (Z score). Resultados. La participación en el PEID se incrementó de 15% en 2015 a 51% en 2016, así como el total de láminas enviadas que en su mayoría cumplían con los criterios establecidos por el Laboratorio Nacional de referencia (LNR). La participación en el PEDD se incrementó de 88% en 2015 a 94% en 2016, con un Índice Kappa de Cohen de 0,97, una media de concordancia de especie parasitaria de 83,3% y de formas parasitarias de 62,5% y una concordancia del recuento parasitario más frecuente entre -0,9 y 0,9, evidenciándose un mejor desempeño en 2016. Conclusión. Basados en los resultados obtenidos es necesario promover una mayor participación de los LSP en los PED de malaria, especialmente en el PEID y aumentar la participación de los laboratorio privados.