La trayectoria educativa de la Sociedad de Cirugía de Bogotá-Hospital de San José existe desde su creación y origen, su filosofía siempre ha sido la docencia y la asistencia desde cuando diez ilustres y altruistas fundadores pensaron en replicar a sus colegas los conocimientos médicos adquiridos por ellos en países europeos y en Norteamérica; de igual forma brindar asistencia social en salud a la población menos favorecida en una época difícil donde no existía el sistema subsidiado en salud y la atención llamada de caridad era parte de la labor institucional. Por el Hospital de San José han cursado y realizado prácticas académicas diferentes estudiantes de instituciones como las universidades Nacional, Javeriana y Militar, así como la universidad del Rosario hasta 1996, año en que por determinación conjunta se decidió la terminación del convenio Colegio Mayor de Nuestra Señora del Rosario-Hospital de San José. En 1996 la Sociedad de Cirugía de Bogotá se hizo cargo académica y administrativamente de los posgrados del Hospital de San José, como unidades dependientes de la Fundación Universitaria de Ciencias de la Salud, bajo la dirección del doctor Roberto Jaramillo Uricoechea. Por ley de la república para funcionar los programas de posgrado deberían estar adscritos a una facultad de medicina que tuviera el programa de pregrado. Las condiciones estaban dadas en un hospital de III nivel, con una reconocida rayectoria de los docentes y con las garantías suficientes para un excelente programa de pregrado en medicina.