RESUMO Objetivo Avaliar as características fonológicas de crianças com hipotireoidismo congênito (HC). Método Estudo observacional, analítico, transversal e ambispectivo que incluiu crianças pré-púberes com HC (n = 100, Grupo de Estudo, GE) e um grupo controle de crianças pré-púberes sem HC (n = 100, Grupo Controle, GC). As avaliações incluíram uma entrevista fonoaudiológica, avaliação fonológica por meio do teste de linguagem infantil ABFW, e coleta de dados nos prontuários referentes às avaliações médicas e testes neuropsicológicos realizados nos três primeiros anos de vida. Resultados Quanto ao início do tratamento no GE, a idade cronológica mediana dos participantes foi de 18,0 dias e 48,4% apresentaram T4 total <2,5 μg / dL (31,75 nmol / L). Na comparação da avaliação fonológica por idade, aos 7 anos as crianças no GE tiveram maior ocorrência de simplificação de encontros consonantais e menor ocorrência de sistema fonológico completo quando comparadas às crianças do GC. Na análise de grupos etários combinados (4 + 5 e 6 + 7 anos), observou-se que o GC teve aquisição completa do sistema fonológico mais precocemente. Na análise multivariada, agenesia da tireoide, resultados alterados nos testes Clinical Linguistic and Auditory Milestone Scale (CLAMS) e Developmental Quotient Tests (CDC) foram associados à ocorrência de desvios fonológicos. Conclusão Crianças com HC apresentam atraso na aquisição fonológica, mesmo com diagnóstico precoce e tratamento adequado, especialmente entre as idades de 6-7 anos. A etiologia do HC, bem como os resultados obtidos nos testes neuropsicológicos nos primeiros anos de vida, parecem ter relação com este atraso.