Cerebrospinal fluid can be used for HIV genotyping when it fails in blood

Rotta, Indianara; Raboni, Sonia Mara; Ribeiro, Cléa Elisa Lopes; Riedel, Maristela; Winhescki, Maria da Graça; Smith, Davey M.; Ellis, Ronald J.; Almeida, Sérgio Monteiro de

Blood plasma specimens are the clinical standard for HIV-1 pol gene genotyping from viral populations; however, it is not always successful, often from low viral loads or the presence of polymerase chain reaction (PCR) inhibitors. Objective To describe the successful of HIV-1 genotyping in two samples of cerebrospinal fluid (CSF), after genotype procedures failed from blood. Method Two HIV-infected patients enrolled in a neurocognitive research study were evaluated when standard HIV-1 genotyping failed from blood plasma samples. Genotyping was performed using the commercial system TRUGENE® HIV-1 Genotyping Kit and the OpenGene® DNA Sequencing System (Siemens Healthcare Diagnostics, Tarrytown, NY, USA). Results CSF genotyping was performed via the same commercial platform and was successful in both cases. Conclusion This report demonstrates that CSF could be used as an alternate clinical specimen for HIV-1 genotyping when it fails from blood. .

O plasma é a amostra clínica padrão utilizada para a genotipagem da região pol do HIV-1; entretanto, a genotipagem pode nem sempre ser bem sucedida, geralmente devido a baixas cargas virais ou à presença de inibidores da reação em cadeia da polimerase (PCR).

Objetivo:

Descrever o sucesso da genotipagem do HIV-1 em duas amostras de líquido cefalorraquidiano (LCR) após a falha do mesmo método em amostras de plasma dos mesmos pacientes.

Método:

Dois pacientes HIV+ envolvidos em um estudo neurocognitivo foram avaliados após a falha da genotipagem do HIV-1 no plasma. A genotipagem foi realizada com o sistema comercial TRUGENE® HIV-1 Genotyping e o OpenGene® DNA Sequencing (Siemens Healthcare Diagnostics, Tarrytown, NY, USA).

Resultados:

A genotipagem no LCR foi realizada pelo mesmo método utilizado no plasma, sendo bem sucedida para ambos os pacientes.

Conclusão:

Este artigo demonstra que o LCR pode ser usado como uma amostra clínica alternativa para a genotipagem do HIV-1 quando esta falha no plasma. .