O aumento na incidência de bactérias multirresistentes, associado à limitação de opções terapêuticas, é reconhecido como importante problema de saúde pública e imprime adoção de medidas preventivas, entre essas a identificação precoce de pacientes colonizados por meio de culturas de vigilância. A coleta de swabs retais é a técnica mais comumente utilizada para a detecção de bactérias multirresistentes de colonização intestinal. Este estudo teve por objetivo avaliar comparativamente a região inguinal em relação à região retal para detecção de bactérias multirresistentes e como objetivos específicos isolar bactérias multirresistentes do sítio inguinal, determinar a sensibilidade e especificidade do swab inguinal em comparação ao swab retal, e identificar fatores de interferência para a colonização no sítio inguinal por bactérias multirresistentes de colonização intestinal. Trata-se de uma pesquisa exploratória, com abordagem quantitativa, caracterizada como estudo epidemiológico, comparativo, prospectivo e controlado, realizado em hospital público federal, no período de outubro de 2012 a maio de 2013, obedecendo aos preceitos éticos em pesquisa. Esta pesquisa compreendeu a coleta de dois swabs inguinais eum swab retal em129 participantes hospitalizados e o preenchimento de instrumento de coleta de dados, incluindo fatores de interferência à colonização. Os espécimes clínicos foram analisados fenotipicamente e submetidos a testes genotípicos. Os resultados foram analisados por meio de estatística descritiva, com determinação de médias, medianas, valores mínimos, valores máximos e desvio padrão para as variáveis quantitativas e por frequências e percentuais para variáveis qualitativas. Para avaliar a qualidade do exame com coleta por meio de swab inguinal em comparação à coleta de swab retal (padrão ouro) foram estimados os valores de sensibilidade, especificidade, valor preditivo positivo, valor preditivo negativo e acurácia. O sítio inguinal apresentou 91,8% de sensibilidade e 88,7% de especificidade quando comparado ao sítio retal; entre os participantes adultos de unidade de terapia intensiva, a sensibilidade foi de100% e a especificidade de 60%; entre os participantes neonatais os índices foram de 85,7% e 93,3% e entre os participantes do Transplante de Medula Óssea foram de 11,1% e 94,4%, respectivamente. Foram estatisticamente significativos a idade, mobilidade, diarreia, e o uso de sonda vesical de demora e fralda como fatores de interferência, assim como a associação da colonização ao óbito como desfecho. Entre os microrganismos isolados, destacam-se alta sensibilidade e valor preditivo negativo para enterobactérias produtoras de carbapenemases eAcinetobacter baumannii. Conclui-se que o sítio inguinal pode ser considerado alternativa segura para a coleta de culturas de vigilância para pesquisa de bactérias multirresistentes de colonização intestinal, à exceção dos pacientes que fazem uso de clorexidina degermante2%, no banho diário, por sua interferência na microbiota cutânea, como observado neste estudo. Os swabs inguinais representam técnica sensível, específica e de fácil execução na rotina institucional; se combinados os dois sítios de coleta, retal e inguinal, na rotina institucional, a possibilidade de detecção de pacientes colonizados poderá ser otimizada.