À exceção dos estudos sobre o vírus da febre amarela em primatas não humanos (PNH) no Brasil, estudos sobre outros flavivírus em diferentes espécies silvestres de vida livre no país, são escassos. Neste sentido, como parte de um estudo de ecologia do vírus Zika (Zika virus ou ZIKV) do Centers for Disease Control and Prevention (CDC) na América do Sul, uma investigação sobre o ZIKV e outros flavivírus foi conduzida em animais silvestres capturados entre 2017 e 2018, em área metropolitana de Cuiabá e Campo Grande, na Região Centro-Oeste do Brasil. Amostras de sangue foram coletadas de 685 indivíduos hígidos de vinte espécies, comumente observadas em parques locais, incluindo mamíferos (N = 372), répteis (N = 213) e anfíbios (N = 100). Amostras de sangue total foram submetidas à extração de ácido ribonucleico (RNA), seguida de reação em cadeia da polimerase em transcrição reversa (RT-PCR) em tempo real para o gênero flavivírus. As amostras positivas foram então confirmadas através de RT-PCR específica para ZIKV e sequenciamento nucleotídico. Um total de 43 (6,3%) amostras foi positivo no RT-PCR para flavivírus e negativo no RT-PCR específico para ZIKV. Todas as 43 amostras positivas para RT-PCR de flavivírus foram submetidas ao sequenciamento nucleotídico, mas nenhuma apresentou similaridade às sequências de nucleotídeos ou proteínas de flavivírus, disponíveis na ferramenta básica de busca de alinhamento local (BLAST).