Em novembro de 2019 um surto de doença respiratória, causado pelo novo coronavírus (SARS-CoV-2), foi detectado na cidade de Wuhan, na China. Em dois meses foram confirmados milhares de casos de Covid-19 (atual denominação da doença), que resultaram em inúmeros óbitos. Em março de 2020, o novo coronavírus disseminou-se para mais de uma centena de países, continuando a causar doença respiratória e óbitos, especialmente em grupos de risco como idosos, gestantes, imunodeprimidos e outros. O mundo vivenciou duas epidemias anteriores de coronavírus – SARS e MERS, com as quais a Covid-19 apresenta similaridades. No entanto, esta epidemia se destaca pela rapidez de disseminação, a severidade e as dificuldades para contenção, tanto que a Organização Mundial da Saúde (OMS) declarou pandemia pelo novo coronavírus em 11 de março de 2020, e os países estão empreendendo enormes esforços para conter o surto e reduzir a letalidade. No Brasil, em 22 de janeiro de 2020, foi ativado o Centro de Operações de Emergências em Saúde Pública para o novo coronavírus (COE Covid-19), estratégia prevista no Plano Nacional de Resposta às Emergências em Saúde Pública do Ministério da Saúde. A vigilância epidemiológica de infecção humana pelo SARS-CoV-2 está sendo construída à medida que a OMS consolida as informações recebidas dos países e novas evidências técnicas e científicas são publicadas. Desse modo, o documento apresentado está sendo estruturado com base nas ações já existentes para notificação, registro, investigação, manejo e adoção de medidas preventivas, em analogia ao conhecimento acumulado sobre o SARS-CoV e MERS-CoV (que nunca ocorreram no Brasil), SARS-CoV-2 e no Protocolo de tratamento de Influenza: 2017 do Ministério da Saúde. Além disso, as recomendações também estão pautadas no Consenso de Especialistas para o Manejo Clínico da Covid-19 (Anexo), realizado nos dias 10 e 11 de março de 2020, na sede da Organização Pan-Americana da Saúde/Organização Mundial da Saúde (Opas/OMS) em Brasília, quando estiveram reunidos especialistas nacionais e internacionais para discussão e aprofundamento sobre o assunto. Considerando a Portaria GM/MS n.º 454, de 20 de março de 2020, que declara, em todo o território nacional, o estado de transmissão comunitária do novo coronavírus (Covid-19), recomenda-se que todos os estabelecimentos de saúde estabeleçam diagnóstico sindrômico para o atendimento de casos suspeitos de Covid-19 independentemente do fator etiológico da doença. Como toda normatização e pela dinâmica da pandemia, este Protocolo está sujeito a ajustes decorrentes da sua utilização prática e das modificações do cenário epidemiológico, podendo sofrer alterações conforme novos conhecimentos acerca da doença forem divulgados.