Este estudo objetivou avaliar as possíveis associações com parâmetros objetivos, como cortisol e alfa-amilase salivares e a Variabilidade da Frequência Cardíaca (VFC) na eminência de procedimentos odontológicos. A amostra foi constituída de 30 pacientes com indicação para exodontia de terceiros molares inferiores erupcionados, caracterizada quanto ao gênero, idade, escolaridade, renda familiar, evento traumático prévio, intensidade de dor e ansiedade ao tratamento odontológico. Para avaliação do cortisol e da alfa-amilase foram utilizados kits de coleta salivar e dados da VFC, obtidos após processamento dos intervalos RR, registrados com o frequencímetro portátil Polar RS800, em três momentos: entrevista, cirurgia e pós-operatório. Foram analisadas as variáveis do domínio tempo (SDNN e rMSSD) e frequência (razão LF/HF). Nesta amostra de voluntários saudáveis, a ansiedade ao tratamento odontológico e o antecedente de experiências traumáticas não se mostraram correlacionados à maior intensidade de dor pós-operatória. Apenas três pacientes foram classificados como ansiosos e quatro relataram algum evento prévio. Estes pacientes foram reunidos em um grupo. Não houve diferença significativa entre este grupo e os não ansiosos em relação às categorias sócio demográficas e dor pós-operatória. Não houve correlação estatisticamente significativa entre as concentrações de alfa-amilase e cortisol com os valores das variáveis de VFC, nos três dias estudados. As variáveis estudadas também não expressaram alteração evolutiva com significância estatística. O estudo de marcadores não invasivos de estresse vem ganhando importância na detecção precoce das respostas autonômicas frente a situações potencialmente estressoras, como cirurgias odontológicas.