Este estudo avalia a capacidade de gestão descentralizada da vigilância epidemiológica (VE) no estado da Bahia, Brasil, a partir de três dimensões: dimensão operacional, dimensão organizacional e dimensão da sustentabilidade da gestão, respondendo as seguintes questões: Qual é a capacidade de gestão da Vigilância Epidemiológica nos municípios baianos? Por que no estado da Bahia os municípios possuem graus diferenciados de capacidade de gestão da VE? O referencial teórico está embasado na evolução histórica das concepções e práticas da vigilância epidemiológica, descentralização da saúde, gestão, e avaliação em saúde. Trata-se de uma pesquisa avaliativa realizada através da abordagem quantitativa, para construção da linha de base avaliativa e da abordagem qualitativa para análise de contexto e para avaliar a capacidade de gestão em dois municípios através de estudo de caso, com uso de técnicas adaptadas das práticas discursivas. Os dados primários para construção da linha de base avaliativa foram obtidos através de questionário on line respondido por trinta e oito gestores da VE municipal; para análise de contexto foram realizadas entrevistas semi-estruturadas com os gestores da VE da secretaria estadual da Saúde. Do mesmo modo, para os estudos de caso, após seleção de dois municípios através dos resultados da linha de base avaliativa, foram realizadas entrevistas semi-estruturadas com os gestores da secretaria da Saúde dos municípios, trabalhadores e representantes do conselho municipal da saúde. Dados secundários foram obtidos através da análise de documentos. A pesquisa demonstrou que dos municípios amostrados 71% possuem uma capacidade regular para manter e mobilizar os recursos que garantam condições desejáveis para atuar em VE (dimensão operacional), 39,5% apresenta uma avaliação precária na dimensão organizacional, evidenciando uma relação frágil na esfera municipal quanto a autonomia de decidir; 50% dos municípios evidenciaram que existe uma fragilidade nos mecanismos e estratégias de gestão que ampliem e solidifiquem as parcerias e alianças para sustentar os resultados declarados e pretendidos. Por outro lado, os estudos de caso demonstraram que o município com melhor capacidade de gestão é aquele cujo gestor tem maior potencial de operar os recursos oriundos da posição que ocupa (financeiros, normativos, materiais, relacionais, técnicos e de informação), somada à capacidade deste mesmo ator em controlar, negociar e articular com outros atores. Assim, a capacidade de gasto que possui o município somado a uma maior autonomia no processo decisório confere uma melhor capacidade de gestão de VE. Com a descentralização VE, definindo a natureza compartilhada da gestão entre as três esferas de governo não se pode negar a melhoria de alguns indicadores de saúde, no entanto, existe uma expressiva variação na capacidade de gestão dos municípios, evidenciada nos estudos de caso, que é determinada em função das desigualdades sociais, econômicas, políticas e dos mecanismos de gestão adotados.(AU)