Para avaliar o impacto das coinfecções pelos vírus T-linfotrópicos humanos 1 e 2 (HTLV-1/-2) e vírus da imunodeficiência humana (HIV) nas hepatites virais B e C, e analisar estratégias para melhoria e expansão do diagnóstico das infecções por HTLV-1/2, realizou-se este estudo. O impacto nas hepatites foi analisado pelas medianas de carga viral (CV) e clareamento viral obtidos em cada grupo de indivíduos infectados pelos vírus das hepatites B (HBV, n=1.910) e C (HCV, n=1.315), separados quanto à positividade para as coinfecções. A menor CV de HBV foi detectada nos HBV/HTLV-2, independente do status HIV (p<0,05). Enquanto os coinfectados HCV/HIV, HCV/HIV/HTLV-1/-2, apresentaram as maiores CV de HCV (p<0,05), e a menor foi detectada nos pacientes HCV/HTLV-2. No início do estudo 61,1% dos HBV/HTLV-2 e 21,4% dos HBV/HTLV-1 tinham CV indetectável. Contrapondo as porcentagens de CV indetectável nos HCV/HTLV-1 e HCV/HTLV-2, que eram inicialmente similares e, durante o acompanhamento, ocorreu mais depuração do HCV em pacientes HCV/HTLV-2 [OR 2,65; IC 95% (1,17–5,99)]. A busca por marcadores genéticos virais que pudessem interferir nos testes diagnósticos para HTLV-1/2, avaliou 69 amostras de DNA de indivíduos de SP [HTLV-1 (n=44) e HTLV-2 (n=25)] e, encontrou os subtipos HTLV-1aA e HTLV-2c e os respectivos genótipos TaxA e TaxC entre as estirpes circulantes. Ainda, mutações pontuais (LTR), sinônimas e não sinônimas (env e tax) e deleção de segmentos genômicos de HTLV-1/-2 (provírus defectivos), foram associados com pior desempenho dos testes de triagem e confirmatórios...(AU)